Послевоенная деятельность Центрального института в целом характеризуется дальнейшим развитием основных научных направлений по изучению лечебного действия природных факторов: климата, минеральных вод, пелоидов и т.д. Сотрудники института активно участвовали в процессе восстановления санаторно-курортной сети СССР: от войны значительно пострадали курорты Черноморского побережья Кавказа, Крыма, Украины, Кавминвод и мн.др. Ряд внешних негативных политических и экономических факторов косвенно тормозили темпы и инициативу в курортной науке (денежная реформа, оголтелая кампания против генетиков, «дело врачей», смерть И. В. Сталина со всеми ее последствиями). Тем не менее, институт жил достаточно полноценной жизнью.

В иллюстрированном журнале «Советский Союз» за 1951 г. в статье директора института Андрея Федоровича Третьякова неплохо отражено состояние дел, работа наиболее значимых подразделений, показаны ведущие специалисты. Свою московскую биографию А. Ф. Третьяков открыл еще в 1939 г. должностью начальника недавно образованного на месте «Союзкурорта» Главкурсанупра Наркомздрава СССР; в 1948-1953 гг. был директором Центрального института курортологии, а в конце своей трижды министерской карьеры временно вернулся в институт на научную работу и с 1954 г. работал в аппарате Минсобеса РСФСР (в 1940-1946 гг. он был Наркомом здравоохранения РСФСР, в 1946-1948 гг. -Министром медицинской промышленности СССР, в 1953-1954 гг. — Министром здравоохранения СССР). Кстати, еще один начальник курортного главка и будущий Министр здравоохранения РСФСР и СССР (1955-1959-1965 гг.). С. В. Курашов работал в одном из организационных отделов Центрального института. Должность директора института А. Ф. Третьяков в ян варе-феврале 1953 г. передал старшему научному сотруднику невропатологу Галине Николаевне Поспеловой.

Весьма ценным вкладом в бальнеологию в послевоенном периоде явилась разработка метода приготовления искусственных радоновых ванн под руководством Е. С. Щепотьевой, что значительно расширило возможности внекурорт-ного лечения радоном. В конце 1951 г. было создано специальное отделение лечебного голодания (по методу врача Н. П. Нарбекова), но ввиду того, что длительное голодание в сочетании с бальнеофизиотерапией оказалось небезопасным для больных, в марте 1953 г. отделение было ликвидировано.

В 1954 г. по следам павловской сессии двух Академий наук (большой и медицинской) состоялось представительное заседание Ученого совета с участием учеников акад. И. П. Павлова (К.С. Быкова и Ф.Д. Василенко), а также проведена серия глубоких экспериментальных исследований, укрепивших теоретические позиции института. Проф. Ф.Д. Василенко проработал в экспериментальном отделе института с 1950 по 1970 гг., а по выходе на пенсию оставался научным консультантом. Заслуживает воспроизведения характеристика, данная ему 25.03.1930 г. лично акад. И. П. Павловым: «Аспиранта Филиппа Дмитриевича Василенко, на основании его занятий в заведуемом мною Физиотлогическом Отделе Института экспериментальной медицины, должен признать за хорошо понимающего свое дело, тщательного и добросовестного научного работника. Им исполнено несколько серьезных исследований в области физиологии высшей нервной деятельности». Среди соавторов Ф.Д. Василенко мы видим академиков Х. С. Коштоянца, К. М. Быкова, Л. А. Орбели.

В результате послевоенной реорганизации института в 1945 г. был вновь создан методический сектор, в который вошли Кабинет организации курортного дела, Кабинет по разработке результатов курортного лечения, медицинской статистики и курортной библиографии. Кабинет курортографии и др. подразделения. В 50-е годы назрела необходимость реформировать курортную систему, в связи с чем следует вспомнить о Г. С. Еременко. Проработав в послевоенные годы на курортах Кавказа и Крыма, благодаря энергичной деятельности и хорошему знанию организации курортного дела, Г. С. Еременко был переведен в Москву и занимал должности начальника Главного управления курортов и санаториев Минздрава СССР (1954-1956) и зам. министра здравоохранения РСФСР (1956-1959).

Анализируя сложившееся в 50-е годы положение в курортном деле, Г. С. Еременко не только вскрыл причины нерациональной эксплуатации и низкой рентабельности курортов, но и выдвинул ряд серьезных предложений по реорганизации санаторно-курортного дела. Так, например, следовало провести определенную децентрализацию управления, передав часть функций в региональные органы здравоохранения; многоведомственная принадлежность санаториев и нежелание кооперироваться на основе общекурортной лечебно-диагностической базы приводили к неэкономному расходованию государственных средств и курортных ресурсов; следовало повысить объем и уровень амбулаторной помощи на курортах, а также поднять роль местных курортов. Став случайной жертвой политических интриг высшего руководства, Г. С. Еременко не успел завершить намеченные реформы и переключился на научную работу. В 1959-1966 гг. он заведовал сектором учета курортных ресурсов и курортографии в ЦНИИ курортологии и физиотерапии, одновременно сотрудничая с клиникой. Частичную децентрализацию управления курортами провести удалось: 20.03.1956 г. Совет Министров СССР своим постановлением передал управление санаториями и домами отдыха в ведение республиканских минздравов, изъяв их из ведения других министерств и ведомств. Для выполнения комплексных курортологических, гидрогеологических, эксплуатационно-разведочных, каптажных и опытных бальнеотехнических работ на курортах при Центральном институте 24.09.1957 г. было организовано Бюро экспедиций (приказ МЗ РСФСР № 775).

До 1956 г. Центральный институт курортологии находился в подчинении Нар-комздрава (с 1946 г. — Минздрава) СССР, но в 1956 г. в соответствии с постановлением Совета Министров СССР был передан Минздраву РСФСР (приказ № 380 от 14.06.1956 г.). Впрочем, после слияния с ГИФом он вернулся в союзное подчинение.