Возможность организации такой клиники представилась в период расформирования и передачи госпиталей и эвакопунктов из системы Главсанупра в распоряжение Наркомздрава (май—сентябрь 1921 г.). Был расформирован и Курортный распределительный госпиталь. По докладной записке главного врача госпиталя В. А. Александрова, поддержанной Н. И. Тезяковым и одобренной наркомом здравоохранения Н. А. Семашко, в помещении госпиталя 1/VII 1921 г. были открыты 3 отделения Курортной клиники на 60 коек: терапевтическое (зав. — проф. Г. Я. Гуревич), неврологическое (зав. — И. Ю. Тарасевич), хирургическое (зав. — М. А. Нольде), а несколько позже — диететическое (зав. — проф. М. И. Певзнер). Полное наименование клиники было громоздким («Клиника при Центральной научной комиссии по изучению курортного дела»), однако в деловых бумагах чаще фигурировало ее сокращенное название — «Курортная клиника» или «Центральная курортная клиника». Директором клиники стал В. А. Александров, совмещавший эту работу с должностью заведующего Бальнеологическим подотделом Отдела лечебных местностей. «Инструкция» для клиники и «Положение о клинике» были разработаны тогда же и утверждены Наркомздравом 7/VII 1921 г.

Среди задач Курортной клиники были диагностика и изучение клинического течения заболеваний, подлежащих лечению на курортах, изучение лечебного действия физических факторов, методическая работа и подготовка кадров курортологов. Предусматривались создание курортных клиник на местах и координация их деятельности. Центральная курортная клиника располагала диагностическим оборудованием, перешедшим от госпиталя, механо- и электротерапевтическими кабинетами и лабораторией. В отделениях работали постоянные ординаторы, а также врачи-экстерны (последние бесплатно). Пациенты попадали в Клинику чаще по направлению Санаторного распределителя Мосздравотдела.

Надвигался нэп, сокращалось государственное финансирование лечебных учреждений, курортная сеть готовилась к переходу на хозрасчет. Наряду с Отделом лечебных местностей при Наркомздраве было создано акционерное хозрасчетное Управление эксплуатацией курортов («Упэкскурорт»), председателем правления которого был назначен П. Н. Обросов. В конце 1921 г. Наркомздрав сократил коечный фонд Курортной клиники с 60 до 40 коек, а штат с 66 до 27 человек. Материальное положение Клиники было тяжелым, однако лечебная и научная работа велась регулярно.

На III Всероссийском научном съезде по курортному делу (февраль 1922 г.) вновь был поднят вопрос о создании Центрального бальнеологического института; говорилось также о поддержании научной работы Курортной клиники, об объединении усилий курортных научных учреждений Москвы, Пятигорска, Краснодара, Одессы, Симферополя, Томска и других городов. Одобряя в принципе резолюции III съезда, Наркомздрав, в силу материальных трудностей и ограниченный рамками хозрасчета, не имел возможности сразу претворить их в жизнь.

Распоряжением по Наркомздраву (от 29.09.22, № 303) директор Курортной клиники В. А. Александров был освобожден от совместительства в Отделе лечебных местностей (с благодарностью за «2,5 годовую полезную работу в организации курортного дела в Республике на новых началах») с оставлением его в качестве консультанта, а на его «вакантную должность заведующего лечебно-санитарным подотделом назначается врач П. Н. Обросов с возложением на него обязанностей заместителя заведующего названным отделом по административно-хозяйственной части» (распоряжение № 305, также подписанное Н. А. Семашко).

В декабре 1922 г. Курортная клиника была объединена с частной электроводолечебницей, основанной в 1897 г. врачом С. В. Слетовым (ул. Садово-Триумфальная, № 13), и в январе 1923 г. возобновила свою деятельность по этому адресу. Новое помещение клиники, специально оборудованное и капитально отремонтированное, открывало большие возможности для проведения научной работы.

15 мая 1923 г. на заседании Центральной курортной комиссии в Наркомздраве были заслушаны первый отчетный доклад о деятельности Курортной клиники, сделанный В. А. Александровым, и содоклады о результатах научных работ (Г. Я. Гуревич и М. И. Певзнер). Эти сообщения получили высокую оценку выступивших на совещании Н. И. Тезякова, П. Н. Обросова, М. П. Кончаловского и др. Обсуждался вопрос развития Курортной клиники, ее расширения, большей самостоятельности и ее влияния на «периферию», в связи с чем было представлено Положение о «связи с периферией» и «выработана единая методика изучения курортных факторов». В своем выступлении П. Н. Обросов сказал, что он «мыслит существование клиники в виде отдельной организационной единицы, могущей... войти как ингредиент в будущий Государственный бальнеологический институт» (наброски проекта института частично сохранились в ЦГОАР РСФСР). 30 мая 1923 г. газета «Правда» опубликовала благодарность большой группы больных, прошедших первый курс лечения в обновленной Курортной клинике.

Круг «курортных» заболеваний, интересовавших врачей клиники, был широк: подагра и другие нарушения обмена, ревматизм, болезни пищеварительного тракта, нервной системы, почек и т. д. Помимо бальнеотерапии и аппаратной физиотерапии, здесь применяли местное грязелечение (тамбуканской и одесской грязью) и питье щелочных минеральных вод. Клинике предоставили право подбора врачей-практикантов, специализирующихся по бальнеологии, с оплатой их за счет местных курортных управлений (своего рода целевая ординатура).

В июле 1923 г. два параллельных подразделения Наркомздрава РСФСР -Отдел лечебных местностей и «Упэкскурорт» — были объединены в учреждение всесоюзного масштаба — Главное курортное управление (ГКУ) во главе с Н. А. Семашко, а спустя год Центральная научная комиссия по изучению курортного дела была реорганизована в Центральное научное совещание по курортному делу.

Расширив свою деятельность, Клиника быстро «выросла» из первоначально отведенного ей помещения. Письмом в ЦК РКП(б) 02.05.23 за подписью уполномоченного НКЗ по организации лечебной помощи для членов РКП П. Н. Обросова НКЗ ходатайствует о расширении жилфонда Курортной клиники за счет присоединения соседних строений по Садово-Триумфальной улице. По этому же поводу было и повторное обращение во ВЦИК 18.08.23. Как видно из протокола заседания секретариата Президиума ВЦИК за подписью А. С. Енукидзе, ходатайство было удовлетворено, о чем П. Н. Обросов и сообщил В. А. Александрову письменно. Согласие ВЦИК было подтверждено вторично 03.10.23, таково же было и решение Моссовета, тем более что расширение обосновывали устройством партклиники. Злополучный флигель занимала частично лаборатория Мое здравотдел а; последний, несмотря на все решения высоких инстанций, отстаивал свои права в Губсуде и подстрекал к жалобам жильцов. Склочная тяжба закончилась тем, что Н. А. Семашко и Н. И. Тезяков отказались от спорного дома, но объяснялось это по-видимому совсем другими обстоятельствами.

В конце 1923 г. Курортная Клиника испытывала большие трудности, поставившие под угрозу ее существование. К этому времени многие лечебные учреждения были лишены государственного финансирования и переведены на хозрасчет. Шла борьба мнений относительно сохранения принципа всеобщей бесплатной медицинской помощи, обостряемая сторонниками так называемой рабочей медицины («рабмеда»). Сокращение штата и коек состоялось, но этого оказалось недостаточно; В. А. Александров неофициально перевел большую часть клиники (за исключением 10 т.н. «парткоек») на хозрасчет и публиковал в прессе рекламные объявления. Идею хозрасчета выдвигал и П. Н. Обросов. о чем, в частности, он писал и в журнале «Курортное дело».

Можно предположить, что ни хозрасчет, ни сомнительная «партклиника» не импонировали Н. А. Семашко, и он попытался присоединить (якобы из экономии) Курортную клинику к Государственному институту физиатрии и ортопедии (ГИФО). Кампания эта, порученная З.П. Соловьеву, началась сразу же после увольнения П. Н. Обросова с должности помощника начальника ГКУ (приказы по НКЗ от05.10.23 и по ГКУ от 08.10.23). Комиссия Наркомздрава пришла к выводу о возможности такого слияния. Несмотря на категоричность выводов комиссии, В. А. Александров продолжал отстаивать самостоятельность Курортной клиники. Слияние означало фактическую ликвидацию курортологических коек, штатов и направления научных работ, что и было недвусмысленно заявлено директором ГИФО проф. С. Б. Вермелем. Положение осложнялось еще и тем, что ГИФО, незадолго до того вобравший в себя Клинику социальных болезней, действительно исчерпал все резервы роста. Штатное расписание научных учреждений Наркомздрава на 1924 г. было составлено с учетом слияния, но так, что даже «следов» Курортной клиники в новообразованном учреждении не оставалось.

Казалось, участь Курортной клиники была решена окончательно, однако практически слияние с ГИФО задерживалось; в значительной мере этому способствовало активное сопротивление обоих директоров — С. Б. Вермеля и В. А. Александрова. Клиника продолжала функционировать, считаясь номинально госбюджетным учреждением; фактически же из общего числа коек, увеличенного до 50, лишь 10 коек были бесплатными. В медицинских журналах за 1923 г. можно встретить рекламные проспекты с подробным описанием Курортной клиники (например, в журнале «Курортное дело», 1923, № 10, с. 108). В то же время, проявляя непоследовательность. Главное курортное управление настаивало на продолжении научных исследований по курортологии.

Еще два мотива решительного наступления Н. А. Семашко на Курортную клинику угадываются при подробном знакомстве с архивными документами.

Во-первых, объективности ради, можно отметить, что маломощная Курортная клиника в первые годы существования не оправдывала ни свое название «центральная», ни надежды Наркомздрава в отношении ее влияния на развитие курортов и курортной науки в целом. Так же, как и Центральная научная комиссия по изучению курортного дела под председательством проф. М. П. Кончалов-ского. Клиника работала на ощупь, и плоды их деятельности носили разрозненный, подчас случайный и отстраненно рекомендательный характер. Это не устраивало Н. А. Семашко, усиливавшего организующее атияние центра и ГКУ в частности.

Во-вторых, переподчинив Главное курортное управление Совнаркому, Н. А. Семашко хотел создать и более мощное головное учреждение из ГИФО, объединенного с Курортной клиникой, независимое (как и ГКУ) от Наркомздрава. Последний вариант явно не устраивал проф. С. Б. Вермеля. За давностью времени невозможно полностью расшифровать подоплеку действий Наркомздрава и сложные отношения действующих лиц между собой и с высшим руководством. С ухудшением здоровья и после смерти В. И. Ленина многие его соратники, в том числе и Н. А. Семашко, стали терять влияние, но остается фактом, что прямой саботаж распоряжений Наркомздрава воспрепятствовал слиянию двух научных учреждений и отсрочил это событие до 1958 года.

В начале 1924 г. Курортную клинику обследовала комиссия Главного курортного управления, возглавляемая приглашенным на работу в центральный аппарат Г. М. Данишевским, после чего Клиника вновь обрела право на существование. В статье Г. М. Данишевского («Курортное дело», 1924, № 4/5, с. 69) на основании заключения комиссии дан подробный анализ деятельности Курортной клиники. Комиссия критикована руководство Клиники за увлечение тематикой, не относящейся к применению физических факторов. Так, немалое внимание уделялось оперативной хирургии, патогенезу различных заболеваний, венерическим и паразитарным болезням и т.п., из-за чего, по словам Г. М. Данишевского, «оставляют „на задворках“ бальнеологию, говоря о ней как бы между прочим...». Критике была подвергнута и слабая связь с другими научными учреждениями и курортами. В то же время комиссия сумела показать значимость и перспективность такого учреждения, как Центральная курортная клиника.

27.08. — 02.09.1925 г. на Кавказских Минеральных Водах состоялся V Всесоюзный съезд по курортному делу, на котором Г. М. Данишевский уже в качестве нового директора Курортной клиники сделал доклад о ее работе и высказался за преобразование клиники в Центральный институт по изучению курортного дела. Этот проект вошел в Решения съезда, а позже изучался в Центральном научном совещании ГКУ вместе с уставом будущего института (октябрь 1925 — июль 1926 гг.).

По прошествии многих десятилетий трудно судить, как именно складывались в тот период отношения бывшего и нового директоров, но вполне достоверно то, что каждый из них держался достойно и сразу выбрал свою «нишу» в курортологии: В. А. Александров всецело занялся изучением природных лечебных факторов, а Г. М. Данишевский развернул широкую организационную деятельность, в результате чего оба оставили яркий след в своей специальности.

Переименование в институт Центральной курортной клиника Наркомздрава РСФСР происходило в несколько этапов.

1. Постановлением т.наз. малого Совнаркома РСФСР от 16 июля 1926 г. Клиника была переименована в Государственный институт курортологии. Однако, в этом варианте не были закреплены головные функции, и вопрос был пересмотрен.
2. Во изменение предыдущего постановления постановлением от 26 сентября 1926 г. Клинику переименовали в Государственный центральный институт курортологии, что было утверждено зам. председателя Совнаркома РСФСР Смирновым 2 октября 1926 г. (протокол МСНК № 96, п. 28 от 28.10.1926 г., выписка из прот. № 63).
3. Приказом Наркомздрава РСФСР № 376 от 8 октября 1926 г. это было подтверждено: «На основании постановления СНК РСФСР (пр. № 63) Централь ная Курортная Клиника НКЗдрава переименовывается в Государственный Центральный Институт Курортологии. Нарком Н. Семашко. Зам.зав. Орг.-Адм. Отделом Березин».

На этом долгий и сложный период образования московского института курортологии был фактически завершен. 09.11.1926 г. на заседании Центрального научного совещания Г. М. Данишевский сделал доклад «о научной работе Института курортологии за летний период 1926 г.». Устав Государственного центрального института курортологии был утвержден Наркомом здравоохранения Н. А. Семашко 17.01.1927 г. и опубликован в журнале «Курортное дело» (№ 4 за 1927 г., с. 17 официального отдела).