В период Великой Отечественной войны работа ГИФа была ориентирована на нужды фронта. В срочном порядке создавались рекомендации по лечению и реабилитации раненых и больных военнослужащих физическими методами. Совместно с Институтом курортологии обобщали материалы из опыта войны с Финляндией. Ещё в 30-е годы, сотрудничая с Институтом им. Н. В. Склифосовского, ГИФ разрабатывал вопросы борьбы с раневой инфекцией, лечения ожогов и обморожений, а также открыл там клинику спортивной травматологии, позже переключившуюся на военную травматологию. В 1938 г. на XXIV Всесоюзном съезде хирургов обсуждались вопросы физиотерапии ран (А. В. Рахманов и A.M. Ланда), а в 1941 г. был выпущен очередной том трудов, посвященный физиотерапии в травматологии. Осенью 1941 г. был подготовлен план эвакуации ГИФа в Томск, и туда командировали несколько сотрудников во главе с директором Н. П. Крыловым, однако переезд не был осуществлен, т.к. немецкое наступление на Москву было отбито.

В 1941-1943 гг. директором и научным руководителем ГИФа был доцент Григорий Семенович Варшавер. В 1943 г. назначается научным руководителем, а в 1944 г. и директором ГИФа проф. Анатолий Иннокентьевич Нестеров, ранее работавший в Центральном, а в 1936-1940 гг. в Сочинском институте курортологии. Клиника института была заполнена ранеными, но не значилась как самостоятельный госпиталь и не имела номера эвакогоспиталя (возможно, из-за небольшого коечного фонда). Зато коллектив ГИФа развернул работу по оснащению госпиталей физиотерапевтической аппаратурой и ремонту её. Часть сотрудников была мобилизована на фронт. Именно начиная со времени Великой Отечественной войны в ГИФе стали решать проблему создания портативной физиотерапевтической аппаратуры на смену громоздкой стационарной. Были разработаны модели передвижных физиотерапевтических кабинетов. Кстати, с окончанием войны опыт работы этого периода перешел к госпиталям, организованным для лечения инвалидов Великой Отечественной войны, а ГИФ включился в работу по восстановлению сети физиотерапевтических учреждений, отделений и кабинетов, значительно пострадавших от войны.

Ещё в военное время в системе эвакогоспиталей Наркомздрава РСФСР был сформирован институт штатных старших инспекторов-консультантов по физиотерапии из числа наиболее опытных специалистов, в том числе профессоров и доцентов. В конце 1944 г. Наркомздрав РСФСР создал физиотерапевтическую службу в лице главных физиотерапевтов в центре и на местах. Все это позволило за 3 года восстановить физиотерапевтическую службу в России, однако в дальнейшем решения Минздрава СССР ломают эту систему и носят непоследовательный характер. Приказом № 817 от 01.11.1949 г. «О мероприятиях по улучшению физиотерапевтической помощи населению» физиотерапевтические учреждения лишаются самостоятельности и объединяются с больницами общего профиля, а с 1950 г. руководство физиотерапевтической помощью возлагается на главных терапевтов. Спасая положение, Минздрав РСФСР приказом № 461 от 19.07.1950 г. обязал руководителей физиотерапевтических подразделений сотрудничать по вопросам службы с главными терапевтами. Еще одним приказом (№ 309 от 30.04.1953 г.) Минздрав РСФСР создает при больницах всех уровней организационно-методические центры по вопросам физиотерапии. И, наконец, приказом Минздрава СССР № 463 от 02.10.1954 г. восстанавливаются на всех уровнях главные физиотерапевты и в союзном масштабе узакониваются организационно-методические центры с подробным перечислением их функций и с указанием улучшить физиотерапевтическую помощь сельскому населению. В связи с последней задачей еще более возросла актуальность разработки портативных физиотерапевтических аппаратов.

В 1946 г. была проведена юбилейная (25 лет со дня основания) научная сессия ГИФа с изданием специального выпуска, содержащего сведения по истории института, о его научных направлениях и полную библиографию трудов, статей, докладов, диссертаций и рукописей (составленную Т.А. Варакиной).

Тогда же был утвержден расширенный состав Научного (Ученого) совета ГИФа из 103 чел., куда кроме физиотерапевтов были включены видные специалисты других теоретических и клинических дисциплин.